Diese kleine Insel hat eine Fläche von 7,7 Quadratkilometern und gehört – wie auch Kyra Panagia – dem Kloster Megistis Lavras auf dem Berg Athos. Auf der Insel gibt es keinen windgeschützten Hafen, in dem Boote anlegen könnten.
Auf der Insel gibt es reiche Marmorvorkommen. Nach der Gründung des Meeresparks wurde der Abbau von Bodenschätzen auf der Insel verboten.
Skantzoura sind mehrere kleinere Inseln vorgelagert (Kasidi, Lachanou, Strongylo, Polemika, Praso, Skantili, Korakas) auf denen sich während der Brutzeit Kormorane (Phalacrocorax) und verschiedene Möwenarten ansiedeln. Aus diesem Grund gehört die Insel Skantzoura zu Zone A des Nationalparks, obwohl sie relativ weit von den anderen Inseln dieser Zone entfernt ist.
